Fakulteti i Shkencave Islame është themeluar më vitin 1995, ndërkaq më 22 – 12- 1997 ka filluar punën për herë të parë. Ky fakultet gjendet në F. Kondovë – Komuna e Sarajit.
Fakulteti i Shkencave Islame në Shkup (FSHI) është institucion i vetëm i lartë mësimor – shkencor dhe edukativo – arsimor islam, i cili vepron në kuadër të Bashkësisë Islame në Republikën e Maqedonisë. Kjo vatër e lartë arsimore merret me studime dhe hulumtime të ndryshme, veçanërisht në fushat që i përkasin Fesë Islame.
Në bazë të vendimit të Këshillit për Akreditim të Republikës së Maqedonisë në mbledhjen e mbajtur më 28.03.2008 është marr vendimi që Fakulteti i Shkencave Islame në Shkup prej vitit akademik 2008/2009 të veproj si subjekt juridik, përkatësisht, si Fakultet Privat Publik.