Факултетот за исламски науки е основана во 1995 година, додека од 22.12.1997 година тој почна да работи за прв пат. Овој факултет се наоѓа во село Кондово – Општина Сарај.
Факултетот за исламски науки во Скопје (ФСИИ) е единствената високообразовна институција – научна и образовна – исламска институција која функционира во рамките на Исламската заедница во Република Македонија. Овој центар на високото образование се занимава со различни студии и истражувања, особено во областите кои припаѓаат на исламската религија.
Врз основа на одлуката на Советот за акредитација на Република Македонија на состанокот одржан на 28.03.2008 година, беше одлучено Факултетот за исламски науки во Скопје од академската 2008/2009 година да дејствува како правно лице, односно како Приватен факултет. (/([\|{}\(\)\[\]\\\/\+^])”\)(‘<"''"><\')}